阴性，但有时可见到一些污染菌，如枯草杆菌、葡萄球菌和类白喉杆菌等。
如从脑脊液中查出细菌，而又非污染或误入，均应视为病原菌，对神经系统的细菌或真菌感染有诊断意义，而对中枢神经系统的病毒性疾患无诊断意义。
病理性脑脊液标本中可能出现的细菌如下:革兰阳性菌有肺炎双球菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、消化链球菌、四联球菌、结核分枝杆菌、炭疽杆菌和单核细胞增多性李氏杆菌；革兰阴性菌有脑膜炎奈瑟菌、卡他布兰汉菌、流感杆菌、沙门菌、大肠杆菌、产气肠杆菌。其他还有新生(型)隐球菌、白色念珠菌和钩端螺旋体。